多重置换扩增（MDA）是现阶段最常用的单细胞全基因组扩增方法，与第三代测序（TGS）相结合，可以对长度超过20kb的扩增片段进行测序。然而，MDA扩增过程中错误启动会产生嵌合序列（测序数据中表现为结构错误）是不可避免的问题，在已有的使用MDA制备模板的所有二代测序（NGS）数据中嵌合序列的比例在1%至15%范围内。考虑TGS更长的读长，其中的嵌合序列的比例预计会更高，影响TGS数据利用率，增加数据分析的难度，需要评估影响。
图1. 嵌合序列的形成机制
本研究构建了3rd-ChimeraMiner，首次利用PacBio单分子测序平台对人类TGS测序数据中MDA产生的嵌合序列进行了系统地探索。结果表明，MDA中的错误启动事件发生频率比之前在短读测序数据中认识到的更高，嵌合事件随着扩增不断累积，单细胞级别数据中嵌合比例高达78%。通过将嵌合序列恢复到原始结构，可在召回大部分真实结构变异的同时（78.23%）去除大部分假阳性结构变异（94.11%），使得在单细胞TGS测序数据中检测结构变异成为可能。
图2. 3rd-ChimeraMiner的概述图
这是一项原理验证研究，结合MDA和TGS，对嵌合序列进行识别和再利用，实现TGS在单细胞水平研究中的应用。
论文链接：https://doi.org/10.1093/bib/bbad275.
分析工具链接：https://github.com/dulunar/3rdChimeraMiner.
