Pocillopora verrucosa(疣状杯形珊瑚)是重要的礁前珊瑚,分支粗壮,生长快速,其个体最大直径可以生长到2米以上,具有形成生物水下消波块的能力,对生物造礁、护礁、固礁至关重要,是海洋建设土交材建工程的良好补充。
2024年7月7日,NCBI (National Center for Biotechnology Information)公布了造礁珊瑚全球旗舰基因组质量排名 (NCBI RefSeq), 东南大学组装的造礁珊瑚 (Pocillopora verrucosa GCF_036669915.1) 基因组被排在首位 [1, 2], 其测序、排污、组装、注释质量全球最佳[3]。
研究进入了颠覆性质变时代。造礁珊瑚是珊瑚礁生态修复的核心物种,具有与虫黄藻等多种共生生物终生共生的特点。该特点使得其基因组是动物界中最难组装到染色体水平的基因组。
东南大学数字医学工程全国重点实验室陆祖宏、何春鹏课题组,根据造礁珊瑚的生物学特性,提出了造礁珊瑚基因组测序、排污、组装、注释的9步法工作流程,构建出了目前国际最优的造礁珊瑚基因组[2]。目前,NCBI共发布了88个造礁珊瑚基因组,其中,只有26个组装到了染色体水平[2]。在这26个基因组中,Wellcome Sanger Institute(桑格研究所)提供了19个(18个NCBI参考基因组),东南大学提供了4个(1个NCBI旗舰基因组,3个NCBI参考基因组)[2]。
注释:
1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_036669915.1/
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=6125
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/annotation_euk/Pocillopora_verrucosa/GCF_036669915.1-RS_2024_06/